Учреждение патриаршества на Руси относится к концу XVI века, к последним годам правления династии Рюриковичей.
В это время в стране фактически правил Борис Годунов. Для его правительства это стало важным достижением, укрепило авторитет России на международной арене.
Учреждению патриаршества в России предшествовало непростое положение в христианском мире. Еще в XV веке пала Византия и был захвачен Константинополь. После этого большинство восточных церквей оказались в зависимости от турецких султанов. Россия осталась фактически единственным в мире независимым православным государством.
С тех пор христианский Восток нередко смотрел на Россию как на главного защитника православия. Зная о честолюбии Годунова, нельзя не признать, что он был истинным патриотом и государственником. Он провел ряд важных реформ, учреждение патриаршества было одной из них. Все они были направлены на усиление мощи и международного влияния Русского государства.
Первым патриархом стал Иов. В годы его патриаршества шел процесс распространения православия в Поволжье и на западную Сибирь., увеличилась печать церковных книг.
Учреждение патриаршества в России стало одной важнейших вех в истории православной церкви.
Значение этого события в том, что царство русское заявило о себе как об одном из пяти центров восточного христианства.
В перечне патриархатов того времени Московскому было отведено пятое место, после Константинопольского, Александрийского, Иерусалимского и Антиохийского. Патриаршество просуществовало в России до 1700 года. После смерти патриарха Адриана в 1700 году Петр I запретил избирать нового, а спустя 20 лет для управления делами церкви создал Святейший Синод.
Патриаршество было восстановлено решением Всероссийского Поместного Собора 28 октября (11 ноября) 1917 года.
Титул "Святейший Патриарх Московский и всея Руси" принят в 1943 году патриархом Сергием по предложению Иосифа Сталина.